Die Akropolis von Malthi ist von einer befestigten Anlage mit einer Gesamtausdehnung von 410 Metern umgeben, wobei die neuesten Forschungen zeigen, dass die Befestigung der Siedlung in der frühmykenischen Zeit errichtet wurde. Die Nordseite ist in größerer Dicke erhalten, und dort befindet sich eines der Haupttore der Siedlung. Die Westseite der Mauer hat ein starkes Fundament, da sie auf dem natürlichen Felsen steht, aber die Mauer hat an mehreren Stellen nachgegeben und ist zerstört worden. Die Ostseite scheint in der Antike eine geeignete Verteidigungskonfiguration gehabt zu haben, was wahrscheinlich dokumentiert, dass von dort aus feindliche Angriffe erfolgten.
In der Zeit vor der Befestigung war die Siedlung verstreut und unbefestigt, und die Häuser hatten einen gekrümmten Grundriss, während in der Zeit nach dem Bau die Häuser einen geradlinigen Grundriss haben und viele Gebäude an der Innenseite der Befestigungsanlage errichtet wurden und diese als eine ihrer Mauern nutzen. In der Nähe des nördlichen Teils der Mauer finden sich Spuren einer kleinen Quelle, weshalb die Archäologen annehmen, dass sich hier die ersten Häuser der Zitadelle befanden.
