L’acropole de Malthi est entourée d’une enceinte fortifiée d’une longueur totale de 410 mètres. Les recherches les plus récentes montrent que la fortification de l’établissement a été construite au début de la période mycénienne. Le côté nord est conservé dans une plus grande épaisseur et c’est là que s’ouvre l’une des portes principales de la colonie. Le côté ouest du mur a des fondations solides car il est situé sur la roche naturelle, mais le mur a cédé à plusieurs endroits et a été détruit. Le côté est semble avoir eu une configuration défensive appropriée dans l’antiquité, ce qui prouve probablement que les attaques ennemies se faisaient à partir de là.
Dans la période précédant la fortification, l’habitat était dispersé et non fortifié, et les maisons avaient des plans curvilignes, alors que dans la période postérieure à la construction, on observe que les maisons ont des plans droits et que de nombreux bâtiments sont construits sur le côté intérieur de l’enceinte de la fortification, l’utilisant comme l’un de leurs murs. Près de la partie nord de la muraille, on trouve les traces d’une petite source, raison pour laquelle les archéologues ont supposé que c’est là que se trouvaient les premières maisons de la citadelle.
